謎の生命体・精霊の出現により起こる大災害・空間震が発生するようになって約30年が経った世界。妹と2人暮らしの高校生・五河士道は、人間に絶望する1人の精霊と出会う。そして、妹・琴里から、自分が精霊と交渉して、世界と精霊両方を救うことのできる存在であることを知らされる。しかし、その方法は「精霊とデートして、デレさせる」という、とんでもないものだった。