あらゆることを完璧にこなす主人公、黒神めだかが学園内で起きた問題を生徒会の仲間達と共に解決してゆく物語。短編形式での導入後は、人為的に天才を作り出す「フラスコ計画」を主軸に、研究を進める学園側とその阻止を目指す生徒会、過負荷を擁する第三勢力の攻防が描かれる。