西暦2009年2月。地球人類と異星巨人種族「ゼントラーディ」とのファースト・コンタクトを機に第一次星間大戦が勃発。1年余りに渡る戦いは、地球を死の星へと変貌させ、そこに住まう生命の大半を死滅に追いやった。アイドル歌手リン・ミンメイの貢献により決戦に勝利した人類は、文化に共鳴する一部のゼントラーディ人と共に荒廃した地球環境の再生を目指した。また、星間戦争の再発に備え、全宇宙への種の保存・拡散を目的とした「銀河播種計画」を立案。巨大な居住艦を中心に大規模移民船団が次々と結成され、人の住める惑星を探して銀河の方々へと旅立っていった。