くじら島に住む少年ゴン=フリークスは、幼少期に森で巨獣に襲われている所をハンターの青年・カイトに助けられた。ゴンはこの時、死んだと思われていた父親・ジンは生きており、優秀なハンターとして活躍していることを知る。ハンターに憧れを抱く様になったゴンはハンター試験の受験を希望。ジンを快く思っていない里親・ミトの出した条件をクリアし、ハンター試験会場へと向かうべく故郷を旅立った。