神々の国アスガルド（Asgard）から宇宙空間に飛ばされたロキは、そこで遭遇した宇宙人種族、チタウリ（Chitauri）のリーダー　ジ・アザーと地球に侵攻することで手を組む。地上では、国際平和維持組織S.H.I.E.L.D.長官のニック・フューリーが、部下のマリア・ヒルとともに、緊急事態に陥っている研究施設を訪れていた。そこでは、エリック・セルヴィグ博士が研究を進めていた、無尽のエネルギーを秘めた謎の物体、四次元キューブ（Cosmic Cube）2が暴走を始めていた。そこに突如ワームホールが開き、ロキが降臨する。ロキは手にしたコズミック・スピアでセルヴィグやクリント・バートン（ホークアイ、Hawkeye）の心を操り、味方にしてしまった。彼らはキューブを奪い、施設から脱出する。