前作『機動戦士ガンダムSEED』での終盤の舞台となった戦い、第二次ヤキン・ドゥーエ攻防戦から2年後の世界が舞台である。 主人公を新たに軍人の少年シン・アスカとし、前作の民間人であった主人公キラ・ヤマトとは違う新たな視点の物語として開始されている。 宇宙世紀系以外の作品の続編がTVシリーズとして制作されたのは本作が初である。また、ガンダムシリーズのTVシリーズとしては最後の非ハイビジョン対応作品にあたり、最後のVHSビデオ版リリース作品でもある。